Retrata os meninos como moleques atrevidos, malandros, espertos, famintos, ladrões, agressivos, falsos, soltos de língua, carentes de afetos, de instrução, de comida.
O livro é dividido em três partes. Antes delas, no entanto, vem uma sequência de pseudo-reportagens, que caracterizam-nos e mostram diversas visões sobre o caso.
Primeira parte
Sob a lua, num velho trapiche abandonado. Subdividida em 10 capítulos, a primeira parte apresenta o local em que as ações transcorrerão. Um trapiche(ou armazém abandonado), à beira-mar, que no passado fora um local movimentado e agora está sujo e infestado de ratos. Fora frequentado inicialmente pela marginália, até ser tomado pelo bando dos capitães de areia.
"Aob a Lua, num velho trapiche abandonado, as crianças dormem. Antigamente aqui era o mar. Nas grandes e negras pedras dos alicerces do trapiche as ondas ora se rebentavam fragosas, ora vinham se bater mansamente. A água passava por baixo da ponte sob a qual muitas crianças repousam agora, iluminadas por uma réstia amarela de lua. Desta ponte saíram inumeros veleiros carregados, alguns eram enormes e pintados de estranhas cores, para a aventura das travessias maritimas. Aqui vinham encher os porões e atracavam nesta ponte de tábuas, hoje comidas. Antigamente diante do trapiche se estendia o mistério do mar-oceano, as noites diante dele eram um verde-escuro, quase negras, daquela cor misteriosa que é a cor do mar à noite."
Ao Contrario de outros grupos espalhados pela cidade, os Capitães da Areia têm lider, seguem normas e, principalmente, obedecem a um chefe que cumpre o papel de "manter um lar" para as crianças que ali vivem. Pedro Bala, quase naturalmente surge como um idere tem o papel de harmonizar, manter a ordem e, de certa maneira, ensiná-los a agir sob certas circunstancias. Com Quinze anos, audaz, ativo e conhecedor de todos os recantos da cidade, é amrcado por uma cicatriz e por seus cabelos loiros.Poucos lhe conheceram a mãe, e o pai "morrera num balaço", daí talvez a origem de seu apelido. Para firmar a liderança, Pedro Bala destituiu o caboclo Raimundo, pós uma luta pelo "poder".
O ápice da primeira parte vem em dois momentos: quando os meninos se envolvem com um carrosel mambembe que chegou na cidade, e experimentam as sensações infantis; e quando a ataca a cidade e acaba matando um deles, apesar da tentativa do padre José Pedro em ajudá-los, e tendo grandes embaraços por causa disso.
Segunda parte
Sub-titulada de "Noite da Grande Paz, da Grande Paz dos teus olhos", relata a história de amor que surge quando Dora torna-se a primeira "Capitã da Areia". Apesar de inicialmente os garotos tentarem estrupá-la, Dora vira uma espécie de mãe para eles. "Canção da Bahia, Canção da Liberdade".
Terceira parte
Mostra a desintegração dos líderes. Sem-Pernas se mata antes de ser capturado pela pólicia que odeia; Professor parte para Rio de janeiro onde torna-se um pintor de sucesso, entristecido com a morte de Dora; Gato se torna um malandro de verdade, abandonando eventualmente sua amante Dalva, e passando porIlhéus ; Pirulito se torna Frade; Padre José Pedro finalmente consegue uma paróquia no interior, e vai para lá ajudar os desgarrados do rebanho do Sertão; Volta Seca se torna um cangaceiro do grupo de Lampião e mata mais de 60 soldados antes de ser capturado e condenado; João Grande torna-se marinheiro; Boa-vida continua sua vida de capoerista e malandro; Pedro Bala, cada vez mais fascinado com as histórias de seu pai sindicalista, vai se envolvendo com os doqueiros e finalmente os Capitães de Areia ajudam numa greve. Pedro Bala abandona a liderança do grupo, mas antes os transforma numa espécie de grupo de choque. Assim Pedro Bala deixa de ser o líder dos Capitães de Areia e se torna um líder revolucionário comunista.
Análise
O que o livro "Capitães da Areia" nos transmite, na verdade, é o fato de cada um dos garotos tentar substituir o amor de mãe que lhes falta. Pirulito descobriu Deus para lhe transmitir um pouco desse carinho; Gato descobriu Dalva, uma mulher já feita, muito mais velha que ele, que lhe dava prazer todas as noites; Volta-Seca no seu padrinho, Lampião, que lhe permitia sonhar que um dia se juntaria a ele e juntos lutariam contra o sistema; Professor acha seu afeto na pintura e nela mostra seus sentimentos; e assim por diante. Contudo, a realidade é que, por mais que eles tentem, esse carinho de mãe não pode ser substituído e que há sempre aquele espaço vazio nos seus corações, o que os leva a continuar a conduzir a vida, na maior parte dos casos, pela . Mostra também que o problema desses meninos faz parte da nossa realidade e que não são todas as pessoas que se preocupam com isso, tratando esses meninos como delinquentes.